La alergia alimentaria supone un problema de salud pública, y se estima que en la próxima década el 50% de los europeos sufrirá esta patología. Las terapias basadas en la administración oral o epicutánea del alergeno no han mostrado una total eficacia, por lo que es necesario el desarrollo de nuevas herramientas para la prevención y tratamiento. El desarrollo de nuevas vacunas terapéuticas frente a las alergias alimentarias basadas en epítopos de células B supone una nueva alternativa a explorar. En este trabajo, describimos el flujo de trabajo para el diseño de vacunas para el tratamiento de la alergia alimentaria utilizando herramientas Proteómicas. La estrategia se basa en la caracterización de epítopos de células B para un particular alérgeno alimentario. Para ello, el flujo de trabajo consta de cinco pasos consecutivos: (1) análisis proteómico mediante “shotgun proteomics” de las diferentes isoformas de proteínas para un particular alérgeno alimentario, (2) descarga de todas las secuencias de proteínas para el alérgeno específico incluidas en la base de datos UniProtKB, (3) análisis bioinformático de los epítopos de células B, (4) síntesis de los epítopos peptídicos seleccionados y (5) realización de inmunoensayos utilizando sueros de voluntarios sanos y pacientes alérgicos. Los resultados de esta estrategia proporcionan un repositorio de epítopos de células B para el diseño de nuevas inmunoterapias específicas para un particular alérgeno alimentario. La estrategia se optimizó para todas las parvalbúminas-beta, consideradas como el principal alérgeno del pescado. Usando este flujo de trabajo, se identificaron un total de 35 péptidos como epítopos de células B, de entre ellos, los 4 principales epítopos de células B que pueden inducir una respuesta inmunitaria protectora se seleccionaron como posibles candidatos a vacunas peptídicas para la alergia al pescado.
